1905年，近代著名的实业家、教育家张謇先生借鉴西方博物馆理念，结合中国国情和南通实际，以辅助学校教育和普及科学文化为宗旨，创办了中国第一个公共博物馆——南通博物苑，中国博物馆事业由此在南通发祥。 
        尽管南通偏居江海一隅，但实业有成的张謇始终关注着社会的剧烈变迁，并竭力主张开办新式学校和博物馆，以启迪民智。张謇分别投书清政府新成立的学部和倡议新学的张之洞，建议在京师设帝室博览馆，并“渐推行于各行省”。在遭到清廷的冷遇之后，他索性躬行实践，把在家乡规划建设中的植物园一举改为植物苑。
        在建设时，张謇断然把博物苑设立在风景优美的濠河之滨，并且广植花木，安置假山及亭台楼阁等园林设施，形成一个既是博物馆又兼具动植物园及传统园林性质的组合。现代博物馆与古典园林相结合，室内陈列与室外活体展示并举，张謇使中国博物馆事业开创伊始，就显示出自己的特色。 
        张謇深知文物是博物馆的基础，毫不犹豫地率先捐出自己所藏，而后于1908年刊印启事，广泛征集藏品。1910年，南洋劝业会在南京举办时，张謇利用大会审查长的身分，大量购置展品，从而大大丰富了博物苑的收藏。到1914年，博物苑已初具规模。 
        1938年，日军侵占南通。沦陷前，博物苑将部分珍贵文物移存农村，次年转存上海金城银行保管。但是，博物苑遭到日军的严重破坏，藏品大部分被劫被毁坏，机构不复存在，房屋残破，园圃荒芜，室内设备及花木鸟兽荡然无存。苑舍沦为日军的马厩。最令南通人刻骨铭心的是，日军竟把一只丹顶鹤射杀，煮以下酒。1945年抗战胜利，其时的博物苑已是满目苍凉。然而，博物苑的遭遇并未引起国民党当局和社会的重视，不仅没有及时修复，反而继续肆意破坏。所幸的是，保存在金城银行的文物大致完好，只是字画因受潮几乎悉数烂毁。 
        解放初，博物苑进行整修。到1951年，修建工程基本结束，南通博物苑重获新生。