洪武元年（1368）正月初四，朱元璋在应天（今南京）称帝，当上大明开国皇帝。据《明实录・太祖实录》卷二九记载，即位前，朱元璋先命礼部书高祖、曾祖、祖考、先考四代皇祖考妣神主，并先期设祭坛。礼毕，朱元璋率世子暨诸子，奉神主诣太庙，追尊四代祖考妣为皇帝、皇后，奉上玉宝、玉册，册曰：“孝玄孙嗣皇帝元璋稽首、顿首、上言尊敬先世人之至情，祖父有天下，传之于子孙，子孙有天下者，追尊于祖考，此古今之通义也。元璋遇天下兵起，躬擐甲胄，调度师旅，戡定四方，以安人民。土地日广，皆祖宗深仁厚德所致也。诸臣庶推尊元璋为皇帝，先氏考妣未有称号，谨上皇高祖考尊号曰玄皇帝，庙号德祖，皇高祖妣曰玄皇后；皇曾主考尊号曰恒皇帝，庙号懿祖，皇曾尊妣曰恒皇后；皇祖考尊号曰裕皇帝，庙号熙祖，皇祖妣王氏曰裕皇后；皇考尊号曰淳皇帝，庙号仁祖，皇妣陈氏曰淳皇后。伏惟神明在上，鉴此孝思”。追封后亦按规定仪式进行祭奠。

       朱元璋即位后，在他务未遑的情况下，首开礼、乐二局，广征耆儒，分曹究讨，制定明朝的礼乐制度，同时命中书省暨翰林院、太常司定拟祀典在制定祀典时，为了分别制定各陵的礼仪定式，首先荐山陵号。朱元璋首先将父母陵寝荐号“英陵”，洪武二年五月又更名为“皇陵”。同时将祖父母陵寝荐号祖陵，这就是“明祖陵”陵号的来历。

       对于皇陵，朱元璋不仅对陵址了如指掌，而且对殁葬父母的惨景历历在目，从释前后，征战途中，自立吴王后，都曾多次亲临寝地，躬身祭扫。也曾想移尸骨改葬，恐泄山川灵气，破坏风水宝地地气，才未行起葬。朱元璋在即帝位前后一段时间内，不仅自己诣陵亲祭，还多次派遣他的儿子们到凤阳祭扫皇陵。

       祖陵号已荐好，但祖陵应建在什么地方，祖父尸骨葬在何处，朱元璋确实一无所知，这可给登极后的祭祀带来了困难。据《帝乡纪略》卷之一《帝迹志・祖陵兴建》中记载：“洪武元年追上尊号，后因制祀典，号称‘祖陵’，而未知所在”。由于朱元璋急于想知道祖陵的遗址，还出了一个笑话：有人告诉朱元璋，说他家的祖陵在句容县通德乡朱家巷。朱元璋信以为真，命后筑土为“万岁山”，有司(官府)修砌路，太祖躬临拜祭，朱元璋刚刚磕下第一个头，“万岁山”中间开裂，分为两半，躬临祭拜的明太祖非常恼火，认为这不是他家的祖茔，否则为什么受不起他一拜。于是“重罚言者”。

       “祖陵”到底在什么地方，朱元璋经过苦思冥想，犹记皇姑孝亲公主(朱元璋二姐)曾经说过：“熙祖(朱元璋祖父朱初一)殁葬于泗洲旧陵嘴（即杨家墩)。”自朱元璋回忆之后，“始岁遣官泗洲城西潮河坝望祭”。

       《天府广记》卷之四十(陵园・附蒋德璟凤泗记)中记载：“高皇帝（即朱元璋)龙飞，定鼎金陵(今江苏南京)，追尊四代，已建仁祖淳皇帝陵于凤阳，因命皇太子至濠泗祭告祖考妣于泗洲。然末识玄宫所在。时向城西濒河凭吊，岁时遣官致祭。”

       从句容县通德乡朱家巷到泗洲城，对于寻迹祖陵遗址是进了一大步，但祖陵究竟在泗洲什么地方仍是一个迷。虽然朱元璋很关心这件事，但由于称帝后的他面临更多、更大、更复杂的问题要处理，有时难以顾及。明王朝建立后，全国局势尚未安定，南北也没统一，元朝的残余势力虽然北走沙漠，但仍然称为北元，保有政府机构和强大的军事力量，时时有南下复辟的企图，同时，沿海倭寇侵袭，加上定都问题，皇朝制度制定问题等等。相比之下，只有将寻找祖陵遗址的事暂时放一放，好在有太庙可以祭祀，同时，又年年遣官到泗洲祭祀。

       洪武十七年，朱贵献祖陵图，祖陵的遗址才真正准确知晓。据《帝乡纪略》和《凤泗皇陵记》记载：朱贵与朱元璋同出一宗，朱贵的祖上也是和朱元璋祖父朱初一一起从句容县通德乡朱家巷逃到泗洲城北孙家岗来的淘金户，在孙家岗又是近邻。朱贵年轻时也参加了农民起义军，后长期从军在外，朱元璋自立吴王的这一年（1364），朱贵以军功卓越著，封龙骧卫百户（《帝乡纪略》中称龙骧卫小旗，《凤泗记》中称龙骧卫总旗）。洪武十七年朱贵年老始归（《帝乡纪略》中称假归祭祖），这时正值明太祖朱元璋追念三祖功德，而不知祖宗真穴所在，朱贵回乡以后，与同宗父老兄弟谈及祖辈的情况，宗人们向朱贵详细介绍了朱元璋祖父朱初一的住处、殁葬处，以及殁葬时灵异始末，有的宗人还带朱贵实地看了朱初一的原住处和坟墓。根据宗人的介绍和亲身的实地勘察，朱贵既画了朱元璋祖父朱初一的住处、葬处的地图，又写了详细的说明。于洪武十七年十月十二日斋奉“陵图”、“宗图”，亲赴御前，向明太祖朱元璋敬献“图贴”。朱元璋听朱贵面奏后，无比激动，封朱贵祖陵奉祀，四品服饰，子孙世袭管理署（祠祭署）事。同时恩赐田宅、钞锭、金带、衣服等物，宠赉有加，令置祠祭署于朱贵先人所居之稍北，另外将朱贵先人居处东南，原朱初一的旧屋基，特赐奉祀官，世为葬地。后来朱贵的儿子朱绂袭任奉祀时，明太祖特别将朱绂召入谨身殿，赐膳一桌，复赐御前子鹅肉，谕以“莫嫌官小，与国同济”。

       洪武十七年十月十二日，朱贵御前奉献“祖陵图”后，朱元璋甚喜，日夜盘算修建祖陵计划。洪武十年，朱元璋命懿文皇太子朱标率文武郡臣和诸色人匠，前往泗洲城北的杨家墩，开始了声势浩大的明祖陵营建工程。

       明祖陵营建工程始于洪武十八年。首先创筑城墙三座，最外面为外罗土城，周长九里三十步（明代时一步等于五尺，九里三十步，即九里一十五丈）；外罗土城内筑砖城一座，周长四里十步（即四里另五丈）；最里面为内皇城，砖垒，红土泥饰。砖城内外广植松柏，约7万余株。

       洪武十九年，开始营建祖陵玄宫（地下宫殿）。在玄宫营建的地点上，曾经过周密的研究，据《帝乡纪略》卷之一《帝迹志・陵墓》中记载：“懿文太子与刘青田(即刘基)秘之，有深意存焉，若今之万岁山乃人力所培而成者，洪武十九年始制帝后衮冕，开此三圹葬之，其不动归陵嘴者，恐泄王气，且德、懿二祖原当招附(招魂附葬)故也”。祖陵玄宫的营建地不是在朱初一尸体殁葬之地，而是在朱初一殁葬地向西100米左右处。为什么玄宫不建在朱初一尸体殁葬地呢?主要原因是怕肇基朱明王朝帝业的山川灵气，或者叫怕破坏风水宝地的风水。另外又想将高祖朱百六、曾祖朱四九也招魂附葬在杨家墩，如果打开朱元璋祖父朱初一的殁葬墓，不仅怕王气外泄，同时德懿二祖也无法附葬于一穴，因此，与诚意伯刘伯温密商决定新开三圹(即明祖陵玄宫三宝)葬之。

       洪武十九年八月，祖陵玄宫建成，朱元璋命礼部制造三祖考衮冕冠服，同时命皇太子朱标“奉三陵(高祖、曾祖、祖父）帝后衮冕冠服诣陵敬葬”。

       洪武二十二年祖陵享殿(正殿或祭殿)建成。

       洪武三十年，为了进一步营建祖陵，又于祖陵东门外裁革原河泊所，在原址置立窑厂烧砖，并设立监造官厅，负责监督烧造。

       永乐元年（1403年）。因洪武二十年营建享殿时，江南负责烧造的黄琉璃瓦，由于路远未能运到，但工程急等完工，故当时只好用黑琉璃瓦沾。后来黄琉璃瓦运到，明成祖朱棣命将黑瓦换成黄瓦，即“易以黄瓦”，和明皇陵同制。

       永乐十一年，最后营建明祖陵的神厨、神库、宰牲亭、棂星门及围墙等建筑，使明祖陵的规模大致完成。

       明祖陵从洪武十八年始建，到永乐十一年规模大致完备，整整花了28年的时间，可见祖陵营建工程浩大。但是祖陵规模真正完备，还应该追溯到嘉靖十年至十五年（1531~1536）。

       嘉靖十年二月，嘉靖追封祖陵（杨家墩）为基运山。同年世宗遣漕抚都御史刘节修建基运山，以配方泽，动土开工。嘉靖十一年明祖陵修建碑亭两座，一座为《基运山碑》，一座是刻有祭文的《祭告碑》。嘉靖十二年祖陵奉祀朱光道以祖陵殿、庑、门、廊皆黑琉璃瓦沾，议请按照皇陵制，用故积的黄琉璃瓦更正殿庑，特别是请求增设陵前石仪(即石刻)。世宗准奏，命南京工部修建，南京工部差主事督修。由于增设陵前石仪，工程很大。据有关专家考证，泗洲直属乡里不产石料，而盱眙之石与石仪石料质地不同，祖陵所用石料有可能来之南京青龙山或其它地方。采石之艰难，在修建明十三陵石刻时，明人曹光祖写了一首诗：“天生美石为人器，石生此地为人累。寻山老匠夜经营，撼石壮夫日憔悴。切磋滤砀动经旬，少不周完即损弃。尽日攻山石将断，野外人家无一片”。(《丰润县志》)除采石艰难以外，运输石料更加艰难。祖陵石刻比其他明陵石刻规格都大，重量自然比其他的重。仅这21对石刻，就花了3年时间，耗资巨大。

       明祖陵经过长时间的营建，其建筑规模宏大，气势雄伟。据《帝乡纪略》记载，祖陵有城墙三座：外罗土城、内砖城及内皇城。城内外遍植松柏7万余株，全陵佳气葱郁。内部建筑有：皇城正殿五间；东西两庑六间；金门三间；左右角门二座；后红门一座；燎炉一座；砖城一座；内四门四座；各三间红门、东西角门两座；外有先年东宫具服殿六间；直房十间；东、西、北三门；直房十八间；星门三座；东西角门二座；内御桥一座；金水河一道；石仪从卫侍俱全；天池一口；井亭一座；神厨三间；神库三间；酒房三间；宰牲亭一所；斋房三间。外罗城内磨房一所，角铺四座，窝铺四座，砖桥一座。城外下马牌一座，东西面御水堤一道，自下马桥起，至施家岗止，共长六百七十五丈五尺。外金水河堤添闸一座。城内东祠祭署一所，堂、厅、门、廊、斋房悉备，颇为完美。

       由于明祖陵地处淮河下游，而且地势低洼，常遭洪水及风雨灾害的侵袭，在明朝统治年间，经常不断进行维修，但在明万历元年（1573）五月十八日夜，淮水暴涨，千里汪洋没室淹田，濒河居民多溺死，这次水患也殃及了祖陵。万历二年秋，异常风雨，淮河泛滥，祖陵屋宇损坏，外基址冲颓。万历八年淮河沿岸连降暴雨，淮水肆虐，灌泗洲没祖陵，祖陵下马桥水深八尺，旧陵嘴水深丈余。万历二十年，大水淹浸祖陵，工科右给事中张贞观曾题奏：臣展竭祖陵，见淮水一望无际，泗洲城如水上浮盂，而盂中之水复满，气象愁惨，不忍睹闻，虽玄宫高耸，乃自神路至三桥并诸仪卫、丹墀，无一不被水(淹)矣。

       明崇祯四年（1631）夏，黄淮交溃，泗洲淮溢，大水灌城，浸及祖陵。崇祯十五年六月初至七月，大雨未止，泗洲洪水暴发，淮堤横冲，一望滔天，禾尽沉没，泗洲、祖陵均被水浸灌。

       到了清朝，水患仍然严重地威胁着泗洲城和明祖陵。尤其是康熙十八、九年间，黄河夺淮入海，淮水灌泗洲城，城日见其倾，仅存城池旧名矣。位于泗洲城北十三里处的明祖陵也被洪水淹没，沦入洪泽湖中。

       明祖陵自明洪武十八年开始营建以来，至今已有600余年历史（1385~2007）而淹没洪泽湖水中达300年之久（1680~1980），经过几百年的历史沧桑，这座盛极明代的帝王祖陵，已渐被人们遗忘。

       1962年冬至1963年春，由于气候干旱，加之正值洪泽湖枯水季节，洪泽湖水位下降十分严重，江苏省文物普查工作队在考察下草湾遗址和沿洪泽湖西岸寻访古徐国遗迹时，根据当地群众提供的线索，在大马圩和大墓头（也就是现在的明祖陵）地方，发现长长的石刻群，卧倒在洪泽湖边，距水边约15米，经专家考证：这群具有唐宋风格的石刻群，为明代祖陵石刻（见1963年《考古》第八期张正祥《明祖陵》一文）。

       1966年，省文化局组织了专门工程队伍和专家，运来了木材、钢材等修建物资，开始了明祖陵修复工程。刚刚动工，“文革”开始，这项工程被迫停止。1976年底，省文化局组织有关专家，专门召开论证会并拨款5万元，盱眙县管镇乡（当时归泗洪县）人民政府组织4000余民工，参加明祖陵修复工程。使被洪水淹没长达300余年的明代第一陵的珍贵石刻重见天日，使明祖陵初步得到局部的恢复。经过几十年的逐步修复，现在明祖陵已有一定规模，成为旅游开放的一大景观。

       （责任编辑 尤 岩）